RewriteEngine on
RewriteBase /
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.main-sites\.ru$
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www\.)?(.*)\.main-sites\.ru$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !sites/
RewriteRule ^(.*)$ sites/%2/$1
## папка sites пример если в папке sites есть папка test то будет работать так test.main-sites.ru