1. Проверь скрипты, которые взаимодействуют с СУБД, может быть проблема там, в каком-нибудь бесконечном цикле - на скрине не круглосуточная загрузка, так что посмотри к каким страницам идут запросы и копай в том направлении
2. Проверь скрипты на наличие "тяжелых" запросов, маловероятно, что от них проц будет долбиться в сотку, однако, если их много на странице, то вполне вероятно
3. Мб тебя ддосят, имеет смысл также полазить в логах и проверить ip-адреса, откуда идут запросы
Elenrill 
TheAlex 